Historicky byla hlavní funkcí pirátských vlajek jako kompletní systém odstrašujících a útočných signálů. Když pronásledují kořist, piráti obvykle zvednou bílou vlajku, aby se poznali; pokud se cíl odmítl vzdát, byla by jako poslední varování vztyčena černobílá vlajka s lebkou a hnáty; pokud by kořist nadále vzdorovala, byla by vztyčena červená vlajka, která by bez milosti vyhlásila porážku. Záznamy naznačují, že černá pirátská vlajka by mohla znamenat zanechání nějaké kořisti, zatímco červená pirátská vlajka znamenala bezohlednost.
V moderní době některá západní námořnictva vztyčují pirátské vlajky, když jejich lodě poprvé překročí rovník, jako tradiční „žert“ nebo rituál. V populární kultuře byl Jolly Roger jako ikonický symbol pirátů prodchnut duchem vzpoury a inovace. Například v roce 1983 tým Apple Macintosh vyvěsil podomácku vyrobenou pirátskou vlajku s bílou lebkou a zkříženými hnáty, zkříženýma nohama a barevným logem Apple, které symbolizovalo „pirátského ducha“ a inovativní, rebelskou kulturu.
